Der Weg, den STRACK eingeschlagen hat und der - eigentlich - von der EU-Spitze vorgegeben wurde, nämlich Null Toleranz gegenüber Korruption und Schummeleien - wird steinig und erweist sich für STRACK als zermürbend. Die Folgen: Er wird depressiv, seine Familie zerbricht. 2005 wird STRACK dienstbedingt frühpensioniert - im Alter von 40 Jahren.
Lange Jahre wird er um Dokumentenzugang, Aussageerlaubnis, Schadensersatz und Rehabilitierung kämpfen. Sieben Ombudsmannentscheidungen werden zu seinen Gunsten ausgehen. Doch die bewirken mangels Verbindlichkeit absolut nichts. Die Anti-Betrugsabteilung OLAF und die EU-Kommission mauern weiter. Sein Gesuch auf eine Mediation wird abgelehnt.
Mehr als ein Dutzend Verfahren betreibt STRACK vor den zuständigen EU-Gerichten. Aber das EU-Gerichtssystem zermürbt klagende Beamte schnell durch lange Verfahrensdauern sowie Verzicht auf Beweisaufnahmen – die EU-Gelder, die ‚verbrannt’ werden, sind aus der Sicht der EU-Bürger ‚weit weg’. Die Folge: STRACK muss nach gewonnenen Gerichtsverfahren Anträge auf Urteilsumsetzung bei der Kommission stellen und danach teilweise erneut klagen. Es wird ein "Kampf gegen Brüssel", wie die Süddeutsche Zeitung später titeln wird.
Auf seinem Weg gründet er 2006 - zusammen mit anderen Whistleblowern und Engagierten - das Whistleblower-Netzwerk. STRACK wird Vorsitzender des Vereins und wird dies bis 2015 bleiben.
Doch sein "Kampf" geht nach und nach verloren, und weil niemand in dem EU-Bürokratenmoloch versteht, dass man sich so engagiert für sauberes Verwaltungshandeln einsetzt, gilt STRACK jetzt als Querulant. Querulanten haben ein noch schlechteres Standing bei Gerichten und Institutionen als normale Menschen.
Im Jahr 2015 gehen Guido STRACK die Kräfte aus - mental und finanziell. Er tritt als Vorsitzender des Whistleblower-Netzwerks zurück, nachdem er im Deutschen Bundestag bei einer Anhörung (Protokoll) noch versucht hatte, die Mehrheit der Großen Koalition aus CDU/CSU und SPD von der Notwendigkeit eines Whistleblower-Schutzes zu überzeugen. Finanziell sieht er sich gezwungen, mit den EU-Institutionen einen Vergleich einzugehen. Damit endet seine 'Karriere' bei der Europäischen Union, die sich gerne als "Wertegemeinschaft" verkauft.